Što je datoteka Protein Data Bank (PDB)? Kako ga otvoriti i pogledati u sustavu Windows 11?

Datoteka banke podataka o proteinima (PDB) je format datoteke koji se koristi za pohranu trodimenzionalnih bioloških podataka. PDB datoteke obično se koriste za pohranu podataka o proteinima, nukleinskim kiselinama i drugim biomolekulama. PDB datoteke mogu se pregledavati na razne načine, uključujući i putem softvera kao što su PyMOL i VMD. U sustavu Windows 11 možete otvoriti PDB datoteku tako da odete u File Explorer, kliknete na karticu View, a zatim odaberete opciju za prikaz skrivenih datoteka i mapa. Nakon što to učinite, trebali biste moći locirati PDB datoteku koju želite pogledati. PDB datoteke važan su alat za znanstvenike koji rade s biomolekulama jer omogućuju vizualizaciju i analizu podataka u tri dimenzije. Razumijevanje kako otvoriti i pregledati PDB datoteke stoga je važna vještina za svakoga tko radi u području bioinformatike ili računalne biologije.

Protein Data Bank (PDB) datoteke su trodimenzionalne molekularne datoteke koje pohranjuju molekularne strukture. Sada, ako se pitate kako otvoriti takve datoteke na računalu, ovaj post će vas zanimati. Ovdje ćemo detaljno raspravljati o PDB datotekama i kako pregledati takve datoteke u sustavu Windows 11/10. Dakle, bez daljnjeg, provjerimo!

Što je datoteka Protein Data Bank (PDB)?

Banka podataka o proteinima (PDB) je baza podataka 3D strukturnih podataka za proteine, nukleinske kiseline i druge velike molekule. Datoteka iz BDP Ekstenzija datoteke u osnovi je datoteka koja sadrži podatke vezane uz strukturu 3D biološke molekule. Podaci uključuju atomske koordinate, atomske strukture, atomsku povezanost, strukturu proteina, strukturu nukleinske kiseline i još mnogo toga. Također sadrži eksperimentalne metapodatke.

Ovaj format datoteke naširoko se koristi u bioinformatici za razmjenu koordinata proteina. Sadrži tisuće redaka koji opisuju strukturu proteina. Sada, ako želite čitati ili pregledavati PDB datoteke na računalu sa sustavom Windows, trebate koristiti namjenski alat treće strane jer za to ne postoji izvorna aplikacija. U ovom postu raspravljat ćemo o različitim načinima pregleda PDB datoteke u sustavu Windows 11/10.

Kako vidjeti datoteku Protein Data Bank (PDB) u sustavu Windows 11?

Postoje dva načina za pregled datoteke Protein Data Bank (PDB) u sustavu Windows 11/10, naime:

1. Koristite besplatni softver za pregled PDB datoteka.
2. Isprobajte besplatni online alat za čitanje PDB datoteka.

1] Koristite besplatni softver za pregled PDB datoteka.

Možete koristiti Windows softver treće strane koji vam omogućuje otvaranje i pregled PDB datoteka. Za Windows je dostupno nekoliko besplatnih aplikacija za radnu površinu koje možete isprobati. Evo nekoliko dobrih koje možete koristiti:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Molekula
• RasMol

A] IKmol

IQmol je besplatni softver za molekularni uređivač i vizualizaciju otvorenog koda za Windows 11/10. Pomoću njega možete pregledavati PDB kao i razne druge 3D datoteke molekula kao što su MOL, SMI, CUBE, XYZ itd. U ovom softveru možete pronaći sve važne alate za molekularnu vizualizaciju. Ti se alati kreću od osnovnih do naprednih. Osim pregledavanja PDB datoteke, također možete urediti molekularnu strukturu.

Omogućuje vam da otvorite više PDB datoteka u isto vrijeme i pregledate ih sve u isto vrijeme. Na ploči Prikaz modela možete omogućiti ili onemogućiti iscrtavanje jedne ili više PDB datoteka.

Glavne karakteristike IQmola:

Značajke ovog besplatnog preglednika PDB datoteka otvorenog koda koje možete pogledati su:

• Možete pronaći sve standardne alate za pregledavanje datoteka, uključujući povećavanje/smanjivanje (kotačićem miša), pomicanje, rotiranje, cijeli zaslon, poništavanje prikaza, prikaz osi itd.
• Omogućuje vam da prilagodite izgled modela uređivanjem parametara kao što su shader, ambijentalno svjetlo, difuzija, jačina magle, svijetli dijelovi, intenzitet šuma, parametri POV-Ray itd.
• Također možete dodati atomske oznake kao što su masa atoma, djelomični naboj, NMR, gustoća spina itd.
• To vam omogućuje da prilagodite postavke kamere prema svojim željama. Možete prilagoditi projekciju kamere, položaj itd.
• imati prikladan Automatska rotacija funkcija koja vam omogućuje automatsko okretanje molekularnog modela.
• Možete spremiti trenutni prikaz strukture proteina u formatu slike kao što je PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS itd.
• Također vam omogućuje pretvaranje PDB-a u druge datoteke molekula pomoću značajke 'Spremi kao'. Podržani izlazni formati: XYZ, MOL, MOL2, CML itd.
• Možete ga i koristiti Kalkulacija funkcije za izračunavanje energija molekularne strukture, sile, PES skeniranje, prijelazno stanje, kemijski pomaci, geometrija, energija razgradnje, BSSE korekcija, i tako dalje.

Uz funkcije pregledavanja, dobivate poseban izbornik Build sa skupom funkcija molekularne konstrukcije. Ove značajke uključuju dodavanje novih atoma, umetanje novih molekula, smanjenje strukture, postavljanje izotopa i još mnogo toga.

Ovo je stvarno dobar softver za molekularno modeliranje s kojim možete vizualizirati datoteke Protein Data Bank na svom računalu. Ako vam se sviđa, preuzmite odavde .

Vidjeti: Chem4Word je dodatak za kemiju za Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer poseban je besplatni preglednik PDB datoteka za Windows 11/10. Omogućuje vam vizualizaciju i analizu nekoliko proteinskih struktura istovremeno. Možete analizirati strukturu proteina, strukturu DNK itd. sadržanu u PDB datoteci. Osim PDB datoteke, također vam omogućuje otvaranje i pregled MOL i MMCIF datoteka.

Kada otvorite PDB datoteku, na sučelju se prikazuje 3D prikaz zajedno s prozorom upravljačke ploče. Upravljačka ploča sadrži opće informacije, popis i naslov datoteke. Možete lako pomicati strukturu, rotirati je, povećavati/smanjivati ​​itd.

Također vam omogućuje da prikažete ili sakrijete površinu točkica, bazu, vodikove veze, vektore sila i više prema vašim željama. Također možete istaknuti različite dijelove različitim shemama boja kako biste bolje analizirali strukturu. Osim toga, možete koristiti značajke prikaza kao što su Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels i još mnogo toga.

Uz alate za vizualizaciju, također dobivate puno značajki molekularnog modeliranja. Osim toga, također sadrži izračun energije, izračun H-veze, analizu domene, detekciju domene, stvaranje 3D motiva, izgradnju kristalografske simetrije i druge alate.

Možete ga preuzeti sa Službena stranica .

Čitati: Najbolji besplatni softver za analizu napajanja za Windows 11/10.

C] QMol

Cumol je još jedan besplatni PDB preglednik za Windows 11/10. To je alat za vizualizaciju makromolekularne strukture s kojim možete pregledavati PDB datoteke. Ostale datoteke koje možete otvoriti i pogledati u njemu su DX, MAP, MTZ, CNS itd.

Omogućuje vam prebacivanje između perspektivnih i ortografskih prikaza, rotiranje modela, povećavanje/smanjivanje, itd. Možete renderirati model pomoću POV-Raya i njegovih metoda renderiranja animacije. Prikazana struktura može se spremiti u PNG formatu. Dostupan je i alat za mjerenje koji vam omogućuje mjerenje udaljenosti, kuta i uvijanja u modelu.

Također možete pronaći neke dodatne alate za daljnju analizu strukture proteina. Ovi alati uključuju Molekularna superpozicija, rezač Mol površine, generiranje Mol površine, uređivač Mol veze, analiza interakcije, Mol morf animacija, i tako dalje.

To je dobar softver za vizualizaciju i analizu strukture proteina prisutne u PDB datotekama.

Vidjeti: .LIT opcija # Kako pretvoriti LIT u EPUB ili MOBI u sustavu Windows?

softver za sigurnosnu kopiju e-pošte

D] Molekule

Sljedeći PDB preglednik na ovom popisu je Molekel. Ovo je prilično star, ali moćan softver za molekularnu vizualizaciju koji vam omogućuje otvaranje i pregled PDB datoteka. Možete pronaći mnogo alata za molekularnu vizualizaciju i analizu koji vam omogućuju analizu proteinskih struktura.

Omogućuje vam prilagodbu prikaza molekula, atoma, veza, ostataka itd. Možete odabrati različite vrste prikaza za svaku od njih, kao što su Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicilinder, Wire, Stick, Linear Tape itd. Osim toga, možete podesiti svojstva 3D prikaza, prikazati/sakriti granične okvire, koristiti shadere itd. Omogućuje vam pregled PDB datoteke promjenom gustoće elektrona površine strukturu i dodavanje površine dostupne za otapalo strukturi.

možeš naći Animacija funkciju u njemu za reprodukciju animacije strukture molekule. Također ima poseban izbornik 'Analiza' s odgovarajućim alatima. Pomoću alata za analizu možete odrediti mrežne podatke, gustoću rotacije, molekularni elektrostatički potencijal, spektar emisije, udaljenost, kut i više za strukturu.

Također vam omogućuje pretvaranje PDB datoteka u različite formate datoteka. Ti formati uključuju PDF, PS, EPS i sliku. Ako vam se sviđa, možete ga dobiti Ovdje .

Čitati: Aplikacija Complete Anatomy vrijedna je preuzimanja za Windows. .

E] Rasmol

Također možete koristiti RasMol za pregled PDB datoteka u sustavu Windows 11/10. To je besplatan softver otvorenog koda koji vam omogućuje vizualizaciju i analizu molekularnih struktura. Također podržava otvaranje i pregledavanje drugih datoteka poput MOL, XYZ, CIF, MOPAC itd.

Omogućuje vam pregled strukture kao okvira, osnove, šipki, vrpci, niti itd. Također možete istaknuti različite dijelove strukture različitim bojama. Također vam omogućuje da prikažete ili sakrijete atome vodika, heteroatome, sjene, oznake itd. prema vašim željama. Također možete mjeriti udaljenost, torziju, kut i druge vrijednosti u strukturi.

Ovaj softver je dostupan Ovdje .

Vidjeti: Najbolji besplatni softver za 3D anatomiju čovjeka za Windows.

2] Isprobajte besplatni online alat za čitanje PDB datoteka.

Također možete koristiti besplatni online alat za otvaranje i pregled PDB datoteka. Sve što trebate učiniti je otvoriti web stranicu u web pregledniku i preuzeti PDB datoteku kako biste je vidjeli. Evo nekoliko dobrih besplatnih online PDB preglednika koje možete isprobati:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

Windows nije mogao pokrenuti uslugu dijagnostičke politike

Možete koristiti ovaj besplatni online alat pod nazivom RCSB PDB za vizualizaciju datoteka Protein Data Bank. Omogućuje vam uvoz PDB datoteke, a zatim vizualizaciju i analizu njezine molekularne strukture.

Možete pronaći neke osnovne značajke vizualizacije kao što su zumiranje, rotiranje, prebacivanje naprednog prikaza priključka, resetiranje kamere, prebacivanje načina odabira itd. Također vam omogućuje podešavanje nekih postavki ili opcija upravljanja kao što je način rada kamere (perspektivni ili ortografski), boja pozadine, /isključeno. onemogućiti okluziju, omogućiti/onemogućiti maglu, isječak, lokaciju itd.

Dolazi sa Animirati funkcija. Koristeći ovo, možete automatski rotirati strukturu proteina. Time možete podesiti brzinu i kut rotacije. Dobivate i namjenski Mjerenje alat u njemu. Pomoću ovog alata možete saznati više vrijednosti kao što su udaljenost, orijentacija, kut i više.

Uz ove značajke, dostupno je nekoliko drugih praktičnih alata: pretraživanje motiva strukture, dodavanje komponenti, izvoz animacije, izvoz geometrije (STL, OBJ, itd.) i izvoz modela.

Sve u svemu, ovo je stvarno dobar besplatni online PDB preglednik sa sjajnim skupom alata za vizualizaciju. Možete isprobati Ovdje .

B] Molsoft

Molsoft je još jedan online alat koji se može koristiti za vizualizaciju PDB struktura. Ovo je jednostavan preglednik PDB datoteka s osnovnim značajkama. Prvo ga otvorite Web stranica i kliknite na opciju izbornika s tri trake. Nakon toga odaberite opciju 'Otvori' da uvezete lokalno spremljenu PDB datoteku ili učitate datoteku s Google diska. Kada odaberete datoteku, prikazat će vam molekularnu strukturu u pregledniku.

Možete koristiti različite načine prikaza za vizualizaciju strukture. Ti prikazi uključuju žičani okvir, kreatin fosfokinazu (CPK), kuglicu i šipku, vrpcu i još mnogo toga. Možete se jednostavno prebacivati ​​između ovih načina prikaza kako bi odgovarali vašim zahtjevima. Osim toga, omogućuje vam da omogućite ili onemogućite oznake atoma, oznake ostataka, vodikove veze i mjesta za bolje razumijevanje strukture.

Također nudi alate za mjerenje. U modelu možete mjeriti udaljenost, ravni kut i kut zakretanja. Osim toga, dostupna je praktična funkcija Color by, koja vam omogućuje bojanje strukture prema vrsti atoma, lancu, poravnanju, sekundarnoj strukturi itd.

Ovo je još jedan dobar mrežni preglednik PDB datoteka koji možete isprobati besplatno.

Kako preuzeti PDB datoteku iz Protein Data Bank?

Da biste preuzeli PDB datoteku iz Banke podataka o proteinima, možete posjetiti web stranicu Banke podataka o proteinima, unijeti i pretražiti naziv proteina ili makromolekule, kao što je ljudski hemoglobin, kitinaza itd. Zatim odaberite datoteku iz rezultata pretraživanja i koristite opciju preuzimanja za preuzimanje PDB datoteke. Jednostavno.

Kako vidjeti PDB strukture?

Molekularne strukture PDB-a mogu se vidjeti pomoću namjenskog mrežnog alata ili softverske aplikacije. Možete isprobati besplatni softver kao što su IQmol, Swiss-PdbViewer i CueMol za vizualizaciju i analizu PDB struktura na vašem računalu. Ako radije koristite online alat, postoji mnogo opcija. Na primjer, isprobajte web usluge kao što su RCSB PDB i Molsoft. Ovo su besplatni mrežni preglednici PDB datoteka koji pružaju napredne alate za molekularnu vizualizaciju i analizu.

Kako pretvoriti PDB datoteku u PDF?

Za pretvaranje PDB datoteke u PDF možete koristiti ovu besplatnu aplikaciju za stolna računala pod nazivom Molekel. Omogućuje posebnu opciju 'Spremi u PDF' koja vam omogućuje pretvaranje PDB datoteke u PDF format. Možete otvoriti PDB datoteku, a zatim kliknuti 'Datoteka' > 'Spremi u PDF' da pretvorite PDB u PDF. O ovom smo softveru detaljno raspravljali u ovom postu, pogledajte ga gore.

To je sve.

Sada pročitajte: Najbolji besplatni softver za molekularno modeliranje za Windows.